Je compose ainsi ma molécule, en faisant mon marché à gauche de l'écran (un oxygène ici, un azote là), jusqu'à l'obtention de la molécule désirée.
Pour une double ou une triple liaison, je clique autant de fois que nécessaire sur ladite liaison.


Ensuite je copie cette molécule dans 3D viewer : "Copy to 3D"
Alors, évidemment, la première fois on est un peu déçu  :
Mais on trouve très vite le moyen "d'améliorer l'modèle" (comme chantait Boris) :
Et c'est tout de suite plus joli :
Mais ce n'est pas parfait, pour tenir compte des interactions entre les atomes et donner à la molécule sa véritable géométrie, il faut demander à 3D viewer d'optimiser (cliquer au moins 3 fois)
Enfin la molécule (la vraie) est enregistrable :
Alors je l'enregistre... au format ".mol" !